Pada musim semi, siswa laki-laki Makoto Yuki pindah ke SMA Gekkoukan. Namun, saat ia menuju asrama barunya, sambil mendengarkan musik di headphone-nya, ia terhenti. Lebih tepatnya, waktu telah berhenti, dan orang-orang yang ada di sekitarnya berubah menjadi peti mati. Makoto mengetahui bahwa periode waktu yang tersembunyi di antara menit tengah malam ini disebut Dark Hour, saat monster yang disebut Shadows muncul. Tiba-tiba diangkat menjadi pemimpin teman sekelasnya Yukari dan Junpei oleh kakak kelasnya Mitsuru dan Akihiko, Makoto harus belajar empati, hubungannya dengan rekan-rekannya, dan arti kematian. Dengan kekuatan Evoker-nya yang diarahkan ke kepalanya, Makoto bertarung melawan Shadows yang mengancam untuk menyerang dunianya dari menara misterius Tartarus.
