U.C. 0097, satu tahun setelah pembukaan “Kotak Laplace”. Meskipun Piagam Universal Century telah terungkap yang mengakui keberadaan dan hak-hak Newtypes, kerangka dunia belum banyak berubah. Konflik yang kemudian dijuluki “Insiden Laplace” diperkirakan telah berakhir dengan jatuhnya sisa-sisa Neo Zeon yang dikenal sebagai Sleeves. Dalam pertempuran terakhirnya, dua mobile suit berbingkai psiko penuh menunjukkan kekuatan yang melampaui pemahaman manusia. Unicorn putih dan singa hitam disegel untuk menghilangkan bahaya ini dari kesadaran manusia, dan mereka sekarang seharusnya dilupakan sepenuhnya. Namun, RX-0 Unicorn Gundam 03, yang menghilang dua tahun sebelumnya, sekarang akan menunjukkan dirinya di Earth Sphere sekali lagi. Seekor burung phoenix emas… bernama Phenex.
