Tak lama setelah peristiwa Jurassic World pada tahun 2015, sebuah tim tentara bayaran kecil tiba di Isla Nublar yang ditinggalkan untuk mengumpulkan DNA dari sisa-sisa Indominus rex di laguna. Setelah mereka mengumpulkan sampel tulang, Mosasaurus melahap kapal selam mereka. Tyrannosaurus (Rexy) menyerang helikopter mereka, namun mereka berhasil melarikan diri dengan sampelnya, juga memungkinkan Mosasaurus melarikan diri ke laut terbuka.
Tiga tahun kemudian, komite Senat Amerika Serikat memperdebatkan apakah dinosaurus di Isla Nublar harus diselamatkan dari letusan gunung berapi yang akan datang. Matematikawan Dr. Ian Malcolm bersaksi bahwa dinosaurus harus binasa secara alami untuk memperbaiki kesalahan kloning yang dilakukan oleh John Hammond. Sementara itu, mantan manajer operasi Jurassic World, Claire Dearing, telah membentuk Kelompok Perlindungan Dinosaurus untuk menyelamatkan hewan. Setelah Senat melarang penyelamatan hewan, mantan rekan Hammond, Sir Benjamin Lockwood, memanggil Claire ke perkebunannya di California Utara. Lockwood dan ajudannya, Eli Mills, mengungkapkan rencana untuk merelokasi dinosaurus ke pulau suaka baru. Claire diperlukan untuk mengaktifkan kembali sistem pelacakan taman untuk menemukan hewan, khususnya Blue, Velociraptor terakhir yang masih hidup. Claire merekrut Owen Grady, mantan pelatih Velociraptor, untuk membantu menangkapnya.
