Ceritanya berlatar tahun 2027, satu tahun setelah berakhirnya perang non-nuklir keempat. New Port City masih belum pulih dari dampak perang ketika kota tersebut mengalami pemboman yang disebabkan oleh ranjau yang dapat bergerak sendiri. Kemudian, seorang anggota militer yang terlibat dalam suap perdagangan senjata ditembak mati. Selama penyelidikan, Daisuke Aramaki dari Bagian Keamanan Publik bertemu dengan Motoko Kusanagi, cyborg, peretas tingkat penyihir yang ditugaskan di Unit Rahasia 501 militer. Batou, pria dengan “mata yang tidak bisa tidur”, mencurigai Kusanagi-lah dalang pemboman tersebut. Detektif Polisi Prefektur Niihama, Togusa, sedang menangani dua kasusnya sendiri, yakni penembakan mati dan pembunuhan seorang pelacur. Motoko sendiri diawasi oleh kepala Unit Rahasia 501, Kurutsu, dan agen cyborg.
